服務(wù)介紹

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（single cell RNA sequencing，scRNA-seq）指在單個(gè)細(xì)胞水平對(duì)mRNA進(jìn)行高通量測(cè)序的一項(xiàng)先進(jìn)技術(shù)，原理是將分離的單個(gè)細(xì)胞中微量mRNA通過(guò)高效擴(kuò)增后再進(jìn)行高通量測(cè)序。

利用傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Bulk RNA-seq）通常需要研磨和提取生物體、組織或細(xì)胞群體中的混合總RNA進(jìn)行測(cè)序，最終得到一群不同的細(xì)胞的平均轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。因此傳統(tǒng)的Bulk RNA-seq忽略了細(xì)胞之間的差異，掩蓋了細(xì)胞的異質(zhì)性。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序極大地革新了轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究。

單細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用包括發(fā)育生物學(xué)、腫瘤學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、免疫學(xué)、疾病機(jī)理研究、細(xì)胞圖譜構(gòu)建等。

圖1 單細(xì)胞測(cè)序主要流程

（source：Huang D, et al., 2023）

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

① 揭示細(xì)胞異質(zhì)性，高分辨率分析：有利于發(fā)現(xiàn)細(xì)胞亞群和罕見(jiàn)細(xì)胞類(lèi)型，提供細(xì)胞功能和狀態(tài)的詳細(xì)信息；

② 動(dòng)態(tài)過(guò)程研究：適用于研究細(xì)胞分化、增殖和腫瘤發(fā)生等動(dòng)態(tài)過(guò)程中的基因表達(dá)變化；

③ 無(wú)偏倚的細(xì)胞分群：能夠更精準(zhǔn)地對(duì)細(xì)胞進(jìn)行分群，尤其是在免疫學(xué)、腫瘤學(xué)和遺傳學(xué)研究中。

吉賽優(yōu)勢(shì)

ü 更全面更深入生信分析：除了基礎(chǔ)分析外，額外贈(zèng)送高級(jí)分析，涵蓋較高技術(shù)含量的細(xì)胞分類(lèi)與注釋、組間差異基因分析、差異基因功能富集分析等項(xiàng)目；還可提供更個(gè)性化、多元化的定制分析。

ü 完備的細(xì)胞捕獲平臺(tái)：吉賽具備10X Genomics、MobiNova（墨卓）、DNBelab C（華大）、BD Rhapsody共4種不同的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)平臺(tái)，以及針對(duì)性平臺(tái)選擇建議，下單無(wú)煩惱！

技術(shù)平臺(tái)對(duì)比

晝夜節(jié)律調(diào)節(jié)因子PER1通過(guò)抑制巨噬細(xì)胞的炎癥信號(hào)傳導(dǎo)，促進(jìn)細(xì)胞重編程

The circadian regulator PER1 promotes cell reprogramming by inhibiting inflammatory signaling from macrophages

IF：7.8

測(cè)序策略：單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)（scRNA-seq）

樣品：來(lái)自野生型（WT）、Per1基因敲除（Per1-/-）和Per2基因敲除（Per2-/-）小鼠的MEFs（小鼠胚胎成纖維細(xì)胞）被用于制備iNs。在重編程的第4、7、10天，對(duì)細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq分析。

細(xì)胞捕獲和測(cè)序：通過(guò)10X Genomics平臺(tái)進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序，平均每個(gè)樣本捕獲約10,623個(gè)細(xì)胞，每個(gè)細(xì)胞平均獲得72,767個(gè)讀數(shù)。

數(shù)據(jù)分析：使用UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）算法進(jìn)行降維，以直觀展示不同細(xì)胞群集。通過(guò)t-SNE算法和聚類(lèi)分析，識(shí)別不同的細(xì)胞類(lèi)型，包括神經(jīng)元、成纖維細(xì)胞和巨噬細(xì)胞。進(jìn)行基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA），以識(shí)別在特定細(xì)胞群中表達(dá)上調(diào)或下調(diào)的基因集。

（A）UMAP分析9個(gè)樣本。（B）Dot plot顯示每簇前3的標(biāo)記基因。(C) 6個(gè)細(xì)胞集群比例的時(shí)間剖析圖。(D)描繪神經(jīng)元集群中神經(jīng)元基因表達(dá)水平。(E)第7天，與WT和Per2^-/-巨噬細(xì)胞相比，Per1-/-巨噬細(xì)胞中表達(dá)水平更高(紅色)或更低(藍(lán)色)的基因富集分析。(F) Per1^-/-細(xì)胞在圖（E）中TNF-α和IL-6信號(hào)通路上調(diào)基因的熱圖。(G) 軸突引導(dǎo)基因的熱圖。

生信分析

樣品上機(jī)要求：

活性大于80%（AO/PI）

細(xì)胞濃度700~1200 cell/uL

細(xì)胞總量 5*10^5 cell，建議10w，至少5w

細(xì)胞尺徑 5um≤X≤30um

* 由于單細(xì)胞樣品要求較嚴(yán)格，具體送樣方法請(qǐng)?jiān)斣冧N(xiāo)售或技術(shù)支持