服務介紹
運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,經過分離純化獲得結合在復合物上的RNA,再通過高通量測序實現對目的RNA的信息分析。RIP技術與高通量測序的結合,能幫助研究人員更好的了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

RNA免疫共沉淀測序技術路線
測序方案
測序平臺:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus
測序模式:PE150
測序數據量:10 Gb raw data
生物信息分析
原始數據質控檢查(堿基質量評估,序列質量評估)
比對結果質控檢查
基因覆蓋度分析
基于基因表達的樣品主成分分析
富集基因表達分析
富集基因GO功能分析
富集基因KEGG通路分析
富集基因Rectome通路分析
富集環狀RNA的預測及鑒定
富集circRNA宿主基因的GO功能分析
富集circRNA宿主基因的KEGG通路分析
富集circRNA宿主基因的Rectome通路分析
富集circRNA的靶向miRNA預測分析
富集circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖
富集長鏈非編碼RNA表達分析
富集lncRNA順式調控基因的GO功能分析
富集lncRNA順式調控基因的KEGG通路分析
富集lncRNA順式調控基因的Rectome通路分析
部分結果示例

圖1. 富集基因的GO功能分析展示

圖2. 富集lncRNA的Reactome通路分析展示

圖3. 富集circRNA-miRNA網絡圖展示
Table1. RIP-seq RNA樣本送樣建議
送樣類型 | 送樣量 | 完整性(RIN值) | 濃度 | 純度 |
RIP RNA | ≥200ng,如≤10ng,則采用微量建庫 | / | / | 無DNA,蛋白/鹽離子等污染,樣本無色透明不粘稠 |
*更具體的送樣方法請詳詢銷售或技術支持
物種范圍:人、小鼠、大鼠,其余物種請詳詢銷售或技術支持