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基 因 編 輯
難治疾病的根源性精準(zhǔn)療法
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基因編輯技術(shù)可以對(duì)DNA與RNA層面的遺傳信息實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)、高效、定向調(diào)控,在疾病治療、遺傳育種、科學(xué)研究等領(lǐng)域中展現(xiàn)出巨大的潛力。
在疾病治療應(yīng)用中,DNA編輯能夠從源頭上永久性修正致病突變,而RNA編輯憑借其可逆、瞬時(shí)的調(diào)控特性,在需動(dòng)態(tài)干預(yù)的疾病中展現(xiàn)出獨(dú)特的治療潛力。DNA和RNA編輯策略,覆蓋了從遺傳缺陷糾正至表型調(diào)控的廣譜疾病類型,通過時(shí)空特異性干預(yù)實(shí)現(xiàn)了治療窗口的精準(zhǔn)擴(kuò)展。
DNA編輯技術(shù)已建立起較為完整和成熟的研發(fā)管線。全球首款獲批上市的基因編輯療法Casgevy(exagamglogene autotemcel),由Vertex Pharmaceuticals與CRISPR Therapeutics共同開發(fā),2023年相繼在英國(guó)與美國(guó)獲批。該療法通過對(duì)患者自體造血干細(xì)胞進(jìn)行基因編輯,提升胎兒血紅蛋白表達(dá)水平,用于治療輸血依賴型β地中海貧血和鐮狀細(xì)胞病。
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DNA編輯技術(shù)及其核心機(jī)制[1]
而RNA編輯作為新興方向,目前多數(shù)項(xiàng)目仍處于臨床前或早期臨床階段。代表性的管線有Wave Life Sciences開發(fā)的WVE-006,作為首個(gè)進(jìn)入臨床階段的RNA編輯療法,旨在治療α1-抗胰蛋白酶缺乏癥(AATD)。WVE-006是一種經(jīng)化學(xué)修飾的短鏈寡核苷酸(AIMer),可引導(dǎo)細(xì)胞內(nèi)源性ADAR對(duì)目標(biāo)mRNA中的特定錯(cuò)義突變進(jìn)行精準(zhǔn)的A-to-I編輯,從而恢復(fù)功能性蛋白的表達(dá)。目前已公布的臨床數(shù)據(jù)顯示了該療法良好的安全性與初步有效性證據(jù)。

RNA編輯技術(shù)及其核心機(jī)制[1]
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R N A
基因編輯療法的優(yōu)越平臺(tái)
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基因編輯技術(shù)邁向臨床的核心挑戰(zhàn)之一是開發(fā)高效的遞送形式,以確保編輯系統(tǒng)的穩(wěn)定性和安全性。目前,基因編輯系統(tǒng)主要通過以下形式遞送:
① 質(zhì)粒DNA載體:利用病毒載體將表達(dá)基因編輯工具酶和引導(dǎo)RNA的質(zhì)粒遞送至細(xì)胞核。
優(yōu)勢(shì):表達(dá)相對(duì)持續(xù)長(zhǎng)效,編輯能力較強(qiáng)。
劣勢(shì):存在基因組整合與持續(xù)性表達(dá)風(fēng)險(xiǎn),可能導(dǎo)致更嚴(yán)重的脫靶效應(yīng);病毒包裝流程復(fù)雜,大尺寸蛋白(如Cas9)包裝困難;病毒載體可能具有免疫原性。
② RNA/蛋白復(fù)合物(RNP):通過電穿孔、微流控等物理方式遞送基因編輯工具酶和引導(dǎo)RNA復(fù)合物。
優(yōu)勢(shì):作用迅速、劑量可控,無基因組整合風(fēng)險(xiǎn)。
劣勢(shì):復(fù)合物穩(wěn)定性差,易降解;蛋白純化工藝復(fù)雜、成本高,存在內(nèi)毒素污染風(fēng)險(xiǎn);物理遞送方式多限于體外應(yīng)用,且可能引起細(xì)胞膜損傷與毒性反應(yīng)。
③ RNA復(fù)合物:利用納米脂質(zhì)顆粒(LNP)等非病毒載體遞送表達(dá)基因編輯工具酶的mRNA和引導(dǎo)RNA。
優(yōu)勢(shì):mRNA研發(fā)和生產(chǎn)快捷;無需進(jìn)入細(xì)胞核即可表達(dá),起效快;瞬時(shí)表達(dá)避免基因組整合,安全性較高。
劣勢(shì):線性mRNA不穩(wěn)定,很容易降解。
mRNA-LNP形式在療效、研發(fā)、生產(chǎn)及商業(yè)化中均體現(xiàn)卓越的優(yōu)勢(shì),更驅(qū)動(dòng)了體內(nèi)基因編輯療法的發(fā)展,拓寬了基因編輯在疾病治療中的應(yīng)用范圍,成為當(dāng)前基因編輯療法開發(fā)的前沿平臺(tái)。
全球已有多個(gè)基于mRNA的體內(nèi)編輯療法進(jìn)入臨床試驗(yàn)階段。
例如,Intellia Treeutics與Regeneron聯(lián)合開發(fā)的體內(nèi)CRISPR基因編輯療法NTLA-2001,通過LNP將gRNA和Cas9 mRNA遞送到遺傳性轉(zhuǎn)甲狀腺素淀粉樣變性(ATTR)病人體內(nèi),全部敲除ATTRv和ATTRwt基因,實(shí)現(xiàn)一次性“治愈”,而不是終身服藥。NTLA-2001正開展臨床Ⅲ期研究,是目前進(jìn)展最快的基于mRNA的體內(nèi)基因編輯療法。
今年5月,費(fèi)城兒童醫(yī)院與賓夕法尼亞大學(xué)醫(yī)學(xué)院團(tuán)隊(duì)報(bào)告了一項(xiàng)突破性研究:全球首次通過基于mRNA的個(gè)性化體內(nèi)CRISPR基因編輯療法,成功治愈一名嚴(yán)重的氨甲酰磷酸合成酶-1(CPS1)缺乏癥的嬰兒。該療法針對(duì)患者CPS1基因中的Q335X突變,設(shè)計(jì)特異性腺嘌呤堿基編輯器(ABE),并利用LNP將編碼該編輯器的mRNA導(dǎo)入患者肝細(xì)胞進(jìn)行基因編輯治療。該研究從診斷到完成治療全程僅歷時(shí)六個(gè)月,標(biāo)志著個(gè)性化mRNA CRISPR技術(shù)實(shí)現(xiàn)臨床轉(zhuǎn)化的重大里程碑。[2]
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環(huán) 狀 R N A
基因編輯療法的升級(jí)平臺(tái)
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線性mRNA在基因編輯應(yīng)用中面臨穩(wěn)定性差、潛在免疫原性和作用時(shí)間短等限制,可能會(huì)導(dǎo)致編輯效率低、編輯范圍小、脫靶效應(yīng)高等問題。
環(huán)狀RNA(circRNA)作為新一代RNA療法的熱門分子,因其獨(dú)特的共價(jià)閉環(huán)結(jié)構(gòu),為上述挑戰(zhàn)提供了新一代解決方案,其核心優(yōu)勢(shì)包括:
① 功能多樣:一種技術(shù)平臺(tái)實(shí)現(xiàn)基因編輯系統(tǒng)的兩種主要組分的研發(fā)和生產(chǎn)升級(jí)。circRNA兼具編碼與非編碼功能,既可替代線性mRNA表達(dá)基因編輯器,亦可設(shè)計(jì)作為引導(dǎo)RNA。
② 性能優(yōu)越:優(yōu)化線性mRNA形式容易降解的問題。circRNA閉環(huán)結(jié)構(gòu)顯著提升RNA穩(wěn)定性,作為編碼RNA,可以延長(zhǎng)編輯工具酶的表達(dá)窗口與有效編輯時(shí)間,從而提高編輯能力;作為非編碼RNA,延長(zhǎng)引導(dǎo)RNA的半衰期,并提供特定的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),有助于提升編輯效率與精確度。
③ 安全性高:規(guī)避線性mRNA的免疫原性問題。circRNA缺乏病原體識(shí)別受體識(shí)別序列,不易被天然免疫受體識(shí)別,免疫原性極低,有利于提高基因編輯療法的安全性;
④ 工藝簡(jiǎn)化:免除線性mRNA的復(fù)雜原料和繁瑣工藝。circRNA無需加帽、加尾及核苷修飾等步驟,工藝簡(jiǎn)化有望降低生產(chǎn)成本,提高體內(nèi)基因治療的可及性。
環(huán)狀RNA在基因編輯應(yīng)用中的優(yōu)勢(shì),已獲多項(xiàng)研究實(shí)證支持。其作為引導(dǎo)RNA與編輯器載體的雙重功能,協(xié)同提升了編輯系統(tǒng)的效率、穩(wěn)定性、精準(zhǔn)性與安全性,展現(xiàn)出作為新一代基因編輯療法創(chuàng)新平臺(tái)的卓越性能。

circRNA編碼Cas9介導(dǎo)基因編輯[3]

circRNA作為引導(dǎo)RNA介導(dǎo)基因編輯[4]
環(huán)狀mRNA
穩(wěn)定長(zhǎng)效可控表達(dá)編輯器
昌平實(shí)驗(yàn)室/北京大學(xué)魏文勝團(tuán)隊(duì)通過體外合成工程化環(huán)狀RNA,編碼優(yōu)化的線粒體堿基編輯器mitoBE v2,并將其顯微注射至小鼠胚胎中,實(shí)現(xiàn)了效率達(dá)82%的高精度線粒體DNA編輯。編碼mitoBE v2的環(huán)狀RNA介導(dǎo)的編輯效率顯著高于傳統(tǒng)線性mRNA形式。該研究為線粒體疾病模型的構(gòu)建、機(jī)制解析及治療策略開發(fā)提供了高效、精準(zhǔn)的技術(shù)路徑。

mitoBE v2編輯的小鼠出生2個(gè)月后不同組織的編輯效率[5]
美國(guó)加州大學(xué)Prashant Mali團(tuán)隊(duì)利用細(xì)胞內(nèi)環(huán)化生成的環(huán)狀RNA,在HeLa細(xì)胞中表達(dá)了融合3A3L DNA甲基轉(zhuǎn)移酶與ZF-KRAB蛋白的表觀調(diào)控模塊3A3L-ZF-KRAB,12天內(nèi)實(shí)現(xiàn)了對(duì)PCSK9基因(心血管疾病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān))的高效沉默。另外,研究團(tuán)隊(duì)還設(shè)計(jì)了編碼dSpCas9 CRISPRoff系統(tǒng)的環(huán)狀RNA,與sgRNA共轉(zhuǎn)染至HEK293T細(xì)胞,成功實(shí)現(xiàn)對(duì)B2M基因的特異性轉(zhuǎn)錄抑制。

circRNA介導(dǎo)的3A3L-ZF-KRAB與dSpCas9 CRISPRoff系統(tǒng)在細(xì)胞中的編輯效率[6]
環(huán)狀引導(dǎo)RNA
介導(dǎo)精準(zhǔn)高效安全的編輯
介導(dǎo)DNA編輯
中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所高彩霞團(tuán)隊(duì)開發(fā)了基于Cas12a的環(huán)狀先導(dǎo)編輯器系統(tǒng)(CPE)。該系統(tǒng)將線性pegRNA中的引物結(jié)合位點(diǎn)(PBS)與逆轉(zhuǎn)錄模板(RTT)環(huán)化,顯著提升了RTT-PBS的穩(wěn)定性,進(jìn)而提高了Cas12a系統(tǒng)的先導(dǎo)編輯效率。研究進(jìn)一步將多個(gè)RTT-PBS單元整合至單一環(huán)狀RNA中,實(shí)現(xiàn)了多達(dá)四個(gè)基因的同時(shí)編輯。該體系在生物醫(yī)學(xué)研究、疾病治療及作物育種等領(lǐng)域展現(xiàn)出重要的應(yīng)用潛力。

CPE編輯器示意圖[7]
在此基礎(chǔ)上,高彩霞團(tuán)隊(duì)還利用靶向鏈切口酶nCas9-D10A、逆轉(zhuǎn)錄酶開發(fā)了環(huán)狀RNA引導(dǎo)的反向引導(dǎo)編輯器(ciPE)系統(tǒng),協(xié)同使用解旋酶Rep-X,將編輯效率提高到2.7%-55.4%,拓寬了可編輯基因的范圍,同時(shí)展現(xiàn)了較高的編輯效率和安全性。

REP-X輔助的ciPE系統(tǒng)[8]
南方醫(yī)科大學(xué)榮知立、林瑛團(tuán)隊(duì)基于Cas12f,設(shè)計(jì)了環(huán)狀gRNA(cgRNA),顯著提升了基因編輯系統(tǒng)的性能。研究表明,cgRNA將基因激活效率提高約1.9-19.2倍;與相分離系統(tǒng)聯(lián)用時(shí),激活效率進(jìn)一步提高2.3-3.9倍。此外,cgRNA還使腺嘌呤堿基編輯的編輯窗口縮小了1.2-2.5倍。在小鼠模型中,通過水動(dòng)力尾靜脈注射(HTVI)遞送cgRNA質(zhì)粒,在小鼠肝臟中介導(dǎo)基因激活效率比常規(guī)gRNA高3.3-19.3倍,充分展現(xiàn)了cgRNA在基因編輯治療領(lǐng)域的應(yīng)用潛力。

cgRNA介導(dǎo)Cas12f在HEK293T細(xì)胞中的對(duì)不同靶點(diǎn)的A-G堿基編輯效率[9]
介導(dǎo)RNA編輯
北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院魏文勝團(tuán)隊(duì)開發(fā)了基于內(nèi)源性ADAR的RNA編輯系統(tǒng)(LEAPER),在此基礎(chǔ)上,進(jìn)一步開發(fā)了升級(jí)版LEAPER 2.0:通過設(shè)計(jì)環(huán)狀arRNA(circ-arRNA),顯著提升編輯性能。在體外細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中,circ-arRNA介導(dǎo)的LEAPER 2.0編輯效率顯著提高,達(dá)線性arRNA的3.1倍,且編輯效果可維持長(zhǎng)達(dá)21天。在Hurler綜合征小鼠模型中,AAV遞送的circ-arRNA,成功糾正致病點(diǎn)突變,恢復(fù)α-L-艾杜糖苷酶催化活性,并有效降低肝臟中糖胺聚糖的異常積累。
魏文勝教授作為科學(xué)創(chuàng)始人成立的博雅輯因基于LEAPER系統(tǒng),建立了體內(nèi)RNA堿基編輯療法的多條管線,正針對(duì)α-L-抗胰蛋白酶相關(guān)肝病(AATD)、Usher綜合征Ⅱ型、杜氏肌肉營(yíng)養(yǎng)不良(DMD)等疾病開發(fā)創(chuàng)新療法,目前分別處于臨床前研究及IND準(zhǔn)備階段。

LEAPER系統(tǒng)的示意圖[10];circ-arRNA在小鼠干細(xì)胞中靶向IDUA的編輯效率及IDUA的催化活性[11]
美國(guó)加州大學(xué)Prashant Mali團(tuán)隊(duì)同期發(fā)表的研究,通過設(shè)計(jì)可招募ADAR的環(huán)狀引導(dǎo)RNA(cadRNA),顯著提升了RNA編輯的效率與持久性,并有效降低了旁觀者編輯效應(yīng)。經(jīng)AAV體內(nèi)遞送的cadRNA,對(duì)小鼠肝臟中mPCSK9轉(zhuǎn)錄本實(shí)現(xiàn)了高達(dá)53%的靶向編輯;在粘多糖貯積癥I型Hurler綜合征的IDUA-W392X小鼠模型中,成功對(duì)UAG無義突變完成12%的UAG-to-UGG校正。研究證明了cadRNA性能優(yōu)于傳統(tǒng)線性引導(dǎo)RNA,在蛋白質(zhì)功能調(diào)控及基因治療領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用潛力。

不同設(shè)計(jì)的adRNA介導(dǎo)RAB7A mRNA的編輯效率[12]
鄭州大學(xué)張開翔、梁燕團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種可招募內(nèi)源性ADAR的環(huán)狀arRNA(Circ-arRNA)。相比線性arRNA,Circ-arRNA在細(xì)胞內(nèi)展現(xiàn)出顯著更優(yōu)越的穩(wěn)定性與編輯效率,且未在旁觀者堿基位置檢測(cè)到脫靶編輯。在三陰性乳腺癌TP53-W53X 4T1細(xì)胞及荷瘤小鼠模型中,LNP遞送的Circ-arRNA,分別實(shí)現(xiàn)73.32%與48.48%的突變校正效率,并成功恢復(fù)了全長(zhǎng)P53蛋白的表達(dá)與轉(zhuǎn)錄活性,顯著增強(qiáng)荷瘤小鼠對(duì)紫杉醇化療的敏感性,顯示出Circ-arRNA在無義突變糾正及相關(guān)疾病治療中的良好應(yīng)用前景。

Circ-arRNA介導(dǎo)RNA編輯示意圖[14]
德國(guó)美因茨分子生物研究所Edward A. Lemke團(tuán)隊(duì)使用RNA引導(dǎo)的假尿嘧啶合成酶(DKC1)構(gòu)建了一個(gè)RNA修飾細(xì)胞器,實(shí)現(xiàn)mRNA選擇性Ψ修飾。相比線性gRNA,環(huán)狀gRNA顯著增強(qiáng)了mRNA假尿嘧啶修飾水平,并通過Ψ修飾靶向抑制終止密碼子,為從遺傳性果糖不耐受等過早終止密碼子遺傳病提供了新的可能性。

環(huán)狀和線性gRNA分別介導(dǎo)DKC1在HEK293T細(xì)胞中的修飾水平[13]
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結(jié)語(yǔ)
充滿機(jī)遇與挑戰(zhàn)的未來
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環(huán)狀RNA因其高穩(wěn)定性、低免疫原性低等優(yōu)勢(shì),為基因編輯工具提供了更穩(wěn)定的導(dǎo)航、更持久的動(dòng)力和更安全的保障,直擊當(dāng)前精準(zhǔn)基因編輯在遞送領(lǐng)域的核心痛點(diǎn),在風(fēng)靡全球的基因編輯領(lǐng)域,成為一顆耀眼的新星。
然而,環(huán)狀RNA在基因編輯中的實(shí)際應(yīng)用仍面臨一些關(guān)鍵挑戰(zhàn)。
規(guī)模制備瓶頸
編輯工具酶分子量較大(尤其是最常用的Cas9),編碼的circRNA序列特別長(zhǎng),而引導(dǎo)RNA序列則通常特別短。這類超長(zhǎng)和超短序列circRNA合成難度較大,容易導(dǎo)致環(huán)化效率降低、副產(chǎn)物增加等問題,亟需開發(fā)高效、穩(wěn)定的規(guī)模化制備工藝。
核心合成工藝突破底層技術(shù)
吉賽生物憑借兩大核心環(huán)化專利與深厚合成經(jīng)驗(yàn),突破了circRNA體外合成序列長(zhǎng)度限制,實(shí)現(xiàn)了超長(zhǎng)、超短序列的高效精準(zhǔn)合成,覆蓋從編碼編輯器到引導(dǎo)RNA的全范圍應(yīng)用,進(jìn)一步拓寬circRNA在基因編輯中的應(yīng)用邊界。

核心酶原料實(shí)現(xiàn)降本增效
吉賽生物依托自主研發(fā)和生產(chǎn)體系,提供一系列circRNA體外合成的高性能核心工具酶,有助于提升circRNA合成效率,進(jìn)一步降低基因編輯藥物的生產(chǎn)成本,為藥物開發(fā)與產(chǎn)業(yè)化提供穩(wěn)定原料支撐。

體內(nèi)驗(yàn)證數(shù)據(jù)有限
環(huán)狀RNA在基因編輯的應(yīng)用仍處于早期階段,其體內(nèi)遞送和給藥策略仍需進(jìn)一步優(yōu)化,在體內(nèi)的編輯性能和安全性仍需更系統(tǒng)的評(píng)估。
吉賽生物解決方案
circRNA基因編輯藥物開發(fā)CRDMO服務(wù)
吉賽生物已構(gòu)建覆蓋circRNA藥物全鏈條的技術(shù)平臺(tái)與服務(wù)體系——從靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)到規(guī)模生產(chǎn),涵蓋序列設(shè)計(jì)、成藥性評(píng)價(jià)、工藝開發(fā)、質(zhì)量研究至GMP生產(chǎn),形成完整閉環(huán),為circRNA基因編輯療法開發(fā)提供全程護(hù)航。

隨著技術(shù)進(jìn)步和平臺(tái)的成熟,這些挑戰(zhàn)正逐步被克服。環(huán)狀RNA與基因編輯強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合,不僅是一項(xiàng)技術(shù)的革新,更是一個(gè)治療新時(shí)代的曙光。在這個(gè)閉環(huán)世界里,蘊(yùn)含著治愈疾病的無限可能!
參考文獻(xiàn)